Problema resolvido.
Então cá vai a solução para o pessoal que faz remapeamento nos carros tal como eu.
Quando o computador por qualquer motivo vá abaixo no momento em que estamos a copiar ou a colar o mapa, depois a centralina vai ficar bloqueada sem dados e não há hipotese de comunicar com a centralina. Então desliga-se a bateria do automóvel e volta-se a ligar, depois retira-se o fusível nº11 e já conseguimos comunicar com a centralina com o nosso programa. Quando terminarmos o serviço de remapeamento, coloca-se novamente o fusível mas vai aparecer o erro de luz de airbag, temos que ligar o (vag com) e apagar o erro.
Isto é para os Leons 1M, não sei se noutros carros conseguimos resolver.